藥用塑料瓶提高瓶口部分的密封性和阻隔性，增加阻濕效果是尤為重要的，由密封方式的選用由瓶口、瓶蓋的設計所決定，瓶口與瓶蓋相互配合隨著瓶口的外螺紋與瓶蓋內螺紋的鎖緊實現對瓶口的密封，若是平壓式密封隨著瓶蓋的鎖緊，瓶口平面與瓶蓋內平面將密封墊片（如橡膠、紙板等）壓合接觸，從而達到密封的效果；側壁式密封則是隨著瓶蓋的鎖緊，瓶蓋將被制成倒錐形或橄欖面形的內塞（可以是單獨的，也可以與瓶蓋一體的）壓人瓶口內側，靠內塞尺寸與瓶口內徑的過盈配合實現密封,無論哪一種密封瓶蓋的質量和與瓶口的配合是關鍵。

口服固體藥用塑料瓶瓶口的密封大多采用帶紙板的鋁箔墊片電磁感應封口，密封效果很好，熱封的鋁銷還有防偽和顯示瓶口是否開啟的作用。

口服液體藥用塑料瓶瓶口的密封一般采用側壁密封，瓶蓋為內塞式，并帶有用細齒狀連接橋連接在蓋上的防偽圈，當藥瓶開啟時連接橋斷裂，防偽圈脫落，說明瓶蓋已開啟。

瓶口和瓶蓋的螺紋可設計為單頭、雙頭或三頭，螺紋截面可設計為半圓形、三角形、梯形等形狀，采用何種形式主要應考慮蓋與瓶口的密封性，以及開啟和旋合的輕松、便捷。